Апатозавр достигал 21-22.8 м (69-75 футов) в длину и имел массу до 16-22 тонн[6],
он обладал более массивным телосложением чем диплодок. В 2013 году в
Оклахоме были найдены кости, которые были на 11-30% крупнее образца СМ 3018,
что предполагает массу в 33 тонны. Как и у других завроподов, шейные позвонки
были раздвоенные, они несли остистые отростки с большим изгибом в середине,
в результате чего ящер обладал широкой и мощной шеей. Позвоночная формула для А.
louisae состоит из 15 шейных позвонков, 10 спинных, 5 тазовых и 82 хвостовых позвонка.
Длинна шеи достигала 7 метров (23 фута). Количество хвостовых позвонков может изменяться
даже в пределах вида. Шейные позвонки апатозавра и бронтозавра были пустотелыми и более
мощные чем у диплодока, являясь наиболее близкими к камаразавру. Большая шея была заполнена
обширной системой из воздушных мешков для экономии веса. Апатозавр имел десять спинных
ребер по обе стороны тела, ребра были очень длинные по сравнению с большинством других
диплодоцид, придавая ему необыкновенно глубокую грудь. Апатозавр, как и его близкого
родственник суперзавр, имеет высокие остистые отростки позвоночника, которые составляют
более половины высоты отдельных костей его позвонков. Как и у других диплодоцид, хвост
заканчивался хлыстообразной структурой на конце. Кости конечностей также были очень прочными.
Бедренные кости апатозавра очень толстые, большеберцовые и малоберцовые кости отличаются от
тонких костей Диплодока, но почти неотличимы от Камаразавра. Малоберцовая кость длиннее и тоньше,
чем берцовые кости, задние конечности были длиннее передних. Апатозавр имел один большой коготь на
каждой передней конечности, особенности которая присуща всем завроподам близким к раннему шунозавру.
Единственный ручной коготь кости (ногтевой) слегка изогнут и усечен на переднем конце. Формула фаланг 2-1-1-1-1,
это означает, что конечность имеет пять пальцев, а сокровенный палец (фаланга) на передней конечности
состоит из двух костей. Формула фаланг задних конечностей 3-4-5-3-2. Первые три пальца на каждой задней конечности так же имели когти