У Скарлетт Йоханссон есть брат –близнец, его зовут Хантер. Брат старше актрисы всего на три минуты. Между ними никогда не было конкуренции и они всю жизнь были лучшими друзьями.
Актриса боится тараканов и птиц, страдая от блатофобии и орнитофобии. Страх перед тараканами появился у актрисы в детстве, когда она проснулась ночью и обнаружила у себя на лице таракана. С того момента звезда боится всех насекомых. Также и взрослые птицы с их острыми клювами и взмахами крыльев вызывают у актрисы реальную панику.
Скарлетт отказалась от роли спецагента Линдси Фэррис в фильме "Миссия невыполнима" после того, как Том Круз, под предлогом рабочей встречи, отвез ее в штаб-квартиру саентологии. Он и его коллеги пытались убедить актрису присоединиться к церкви и стать сантологом, но Скарлетт удалось сбежать под предлогом. После этого она навсегда прекратила общение с Томом Крузом.