Когда Фиона наконец-то решает рассказать Шреку правду, она узнаёт, что тот уже вызвал Фаркуада, чтобы забрать Фиону в Дюлок.
Действие фильма разворачивается в 2304 году. Через 300 лет после того, как земляне колонизировали Марс и благополучно забыли о колонистах, потомки колонистов под командованием Верховного Регулятора вторгаются на Землю с целью поработить её.
Единственный шанс спасти Землю — вернуться в прошлое, предотвратив встречу человечества с представителями инопланетян, с помощью технологий которых был колонизирован Марс. Однако, по стечению обстоятельств, в прошлое вместе с Корком и Чмоком отправляется не Шпротти, а королева Земли Метакса и космический таксист Рок Изз-Ада. Из-за поломки машины времени, прежде чем достичь цели своего путешествия, герои вынуждены побывать в средних веках.