
Барток всё ещё не уверен, что сможет помочь жителям, однако по пути в лес Зози настойчиво его убеждает в том, что у него хватит смелости преодолеть трудности и препятствия. Придя в Железный лес, у ворот в дом ведьмы герои встречают огромного черепа, который загадывает им загадку, чтобы впустить Бартока к Бабе Яге. С помощью друга мышонок успешно отгадывает загадку и получает ключ к дому волшебницы. Хотя Барток пытается вначале остаться незамеченным, Яга всё равно обнаруживает, что в доме чужой. В обмен на раскрытие местонахождения царевича, Барток должен будет выполнить три задания колдуньи, чтобы доказать, что он достоин его спасти. Первое задание-отыскать на ледяном карьере розовую змею Пилоф. Это оказывается сложнее, чем думал персонаж, так как Пилоф оказывается прибита к камню. При помощи трюков ему удаётся освободить змейку. Выполнив успешно первое задание, Барток сразу же приступает ко второму-принести корону кузнеца Обли, огромного великана-тролля. Рискуя ценой своих жизней, друзьям всё таки удаётся выкрасть корону и вернуться в лес. Утром Барток отправляется на третье задание-достать волшебное перо, парящие в небесах посреди поляны. Выполнив и это поручение, герой приносит магическое перо, тем самым успешно выполнив три задания ведьмы. Колдунья принимает три предмета: кровь Пилоф, корону тролля, волшебное перо, и кидает их в котёл. Но перед тем как выполнить своё обещание, она говорит, что ей нужно ещё кое-что, только уже от самого Бартока. Мышонок безуспешно пытается найти, что нужно, в результате издевательств ведьмы над ним, он с бранью кричит на неё. Барток уже собирается уходить, но видит удивительную картину: колдунья плачет. Герой просит прощение за сказанное и сам начинает плакать. Слёзы Бартока — это именно то, что оказывается нужно Бабе Яге. Она подбирает слезу и отправляет её в котёл за тремя предметами. Затем она рассказывает, что царевич находится наверху в башне замка, после чего персонаж понимает, что всё, что говорили про неё — слухи. На прощание волшебница даёт ему волшебный эликсир, повышающий внутреннюю силу в десять раз.
По пути в Москву, герой просит Зози не ходить вместе с ним в замок, обещая, что он просто расскажет, где царевич и вернётся. Он ведёт регентшу Людмилу и Стражника-Вола в башню, где и находят Царевича. Внезапно Людмила сажает Бартока и стражника в камеру с Иваном, выхватив у Бартока снадобье. Оказывается Людмила велела стражнику «убрать» Царевича со своего пути и убить, чтобы самой занять русский престол, а стражник, поняв приказ по-своему, переоделся ведьмой и посадил Ивана в башню. Злая регентша выпивает снадобье, превращается в дракона, потеряв человеческий разум, и решает уничтожить всю Москву. Бартока, Царевича и Стражника спасает Зози, затем Барток борется с Людмилой-драконом, и её заваливают обломки разрушевшейся башни.
Иван-Царевич и москвичи благодарят Бартока за спасение, также Зози хвалит друга и объясняет, что благодаря ему Баба-Яга научилась сострадать и любить. Все заканчивается тем, что Барток и Баба-Яга прощаются, обняв друг друга.